Além do que o voo manual, o MikroKopter pode igualmente automaticamente voar pontos intermediários. As rotas ou os pontos individuais podem ser planejados adiantado no escritório e ser armazenados em um plano do misson. Baseado nestes pontos intermediários o MikroKopter pode traçar um terreno, umas vistas panorâmicas da tomada, uns panoramas ou umas imagens térmicas do registro automaticamente das construções e dos painéis solares.
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