Oltre al volo manuale, il MikroKopter può anche pilotare automaticamente i waypoints. Gli itinerari o i diversi punti possono essere progettati in anticipo nell'ufficio ed essere memorizzati in un piano del misson. Sulla base di questi waypoints il MikroKopter può tracciare un terreno, prendere automaticamente le viste panoramiche, i panorami o le immagini termiche dell'annotazione delle costruzioni e dei pannelli solari.
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