En plus du vol manuel, le MikroKopter peut également automatiquement piloter des buts. Des itinéraires ou les différents points peuvent être prévus à l'avance dans le bureau et être stockés dans un plan de misson. Basé sur ces buts le MikroKopter peut tracer un terrain, prendre des vues panoramiques, des panoramas ou des images thermiques de disque automatiquement des bâtiments et des panneaux solaires.
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