Además de vuelo manual, el MikroKopter puede también volar automáticamente puntos de referencia. Las rutas o los puntos individuales se pueden planear por adelantado en la oficina y almacenar en un plan del misson. De acuerdo con estos puntos de referencia el MikroKopter puede trazar un terreno, tomar vistas panorámicas, panoramas o imágenes termales del expediente automáticamente de edificios y de los paneles solares.
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